Henri Agnel est né au Maroc dans une famille de musiciens. Il commence sa carrière de guitariste et mandoliniste classique à 17 ans, tout d’abord dans les milieux classiques et contemporains. En 1974 il est engagé par l’ensemble « Les Ménestriers » et se spécialise en musiques Médiévales, Renaissances et Baroques. Il mène une recherche sur les liens entre les musiques médiévales européennes et les musiques arabes persanes et indiennes. il se spécialise dans les instruments de la famille du Cistre : Cistres, Orpharion, Pandore et Cétéra, et aussi : Oud, Rebec, Zarb.
Arrangeur et accompagnateur d’Angélique Ionatos, Ute Lemper, Misia… il est compositeur d’opéras, de ballets et dramatiques de France Culture. il dirige l’enregistrement d’un CD sur les Cétéra « Corsica Cétéra Cister ‘Song » (Casa édition). Soliste au Oud des deux CD « Mozart l’Égyptien » (Virgin Classics).