Née au Japon, Marie Kobayashi commence très jeune l’étude du piano et du chant. Elle fait ses études musicales à l’Université Nationale des Beaux-Arts et de la Musique de Tokyo où elle obtient Licence et Maîtrise.
Elle s’installe définitivement à Paris, et entre au CNSMD de Paris dans les classes de Régine Crespin, Michel Roux et William Christie. Elle obtient le Prix d’art lyrique et le Prix d’interprétation de Musique vocale ancienne.
Elle est depuis 1993, Docteur ès Arts de l’Université Nationale des Beaux Arts et de la Musique de Tokyo pour sa thèse de 3ème cycle: “les mélodies d’Olivier Messiaen – Autour d’Harawi”.